On remarque aujourd’hui qu’un certain nombre d'entreprises sont mises en difficulté du fait que leur CRM, leur ERP et leur site marchand ne communiquent pas. Certaines d’entre elles réussissent à créer le lien entre l’ERP et le CRM. Toutefois, d’autres structures fonctionnent sur des systèmes complètement isolés.
Lorsque l’entreprise dispose d’un ERP on premise et d’un CRM à côté, le cloisonnement du système complique l’interopérabilité.
Enfin, pour certaines entreprises ayant réussi à connecter leur CRM à leur ERP, il manque toujours ce lien avec leur site marchand et marketplaces. Le CRM n’accède donc pas à toutes les bases de données et applications, ce qui limite son usage.